Penyelenggaraan Program Studi Sistem Komputer F.MIPA Universitas Tanjungpura dimulai pada tahun 2008, berdasarkan Izin Penyelenggaraan Program Studi Sistem Komputer Universitas Tanjungpura dari Dirjen Dikti Departemen Pendidikan Nasional, Nomor 2076/D/T/2008, tertanggal 7 Juli 2008, dan mulai menerima mahasiswa pada tahun ajaran 2008–2009.Perpanjangan Izin Penyelenggaraan Program Studi Sistem Komputer diberikan sampai dengan tanggal 7 Juli 2014, berdasarkan Surat Rektor Universitas Tanjungpura, Nomor: 7324/II/T/K-N/2011, tanggal 6 Juni 2011.

   Program Studi S-1 Sistem Komputer Universitas Tanjungpura, fokus pada pendidikan pada bidang Teknologi Sistem Komputer yang siap mencetak Sarjana Sistem Komputer yang profesional dan memiliki penguasaan aspek pengetahuan terhadap proses industri, pengetahuan tentang jaringan dan komunikasi data, pengetahuan dalam membangun sistem kendali proses jarak jauh berbasis jaringan komputer, membangun program otomasi pengendalian sistem industri, mampu merancang dan membangun robot untuk berbagai kepentingan.